La chiesa di San Giovanni Battista è la parrocchiale di Lunamatrona. Sorge in piazza Conciliazione, nella parte più alta del paese. Al suo interno è custodito il cinquecentesco Retablo di Santa Maria, opera di Antioco Mainas. L'inizio della costruzione dell'attuale San Giovanni Battista di Lunamatrona, sull'area di una precedente chiesa benedettina dell'XI secolo, risale al XVI secolo. Nel 1586 i lavori risultano in corso di svolgimento e nel 1630 il tempio diventa chiesa parrocchiale. Nel 1803 si procedette alla costruzione della volta e della cupola, mentre nel secondo dopoguerra si realizzarono gli affreschi che ornano gli interni.